Действие Quake Wars разворачивается в 2065 году на Земле, куда вторгается инопланетная армия киборгов Строггов (Strogg). От нападения планету пытаются защитить солдаты GDF (Всемирные силы обороны, GDF). Игрок может записаться в армию как тех, так и других.

В демо-версии многопользовательское сражение происходит на карте Valley. По сюжету, это долина Йосемит (Yosemite Valley) в Калифорнии.

Строгги не впервые воют с людьми в играх id Software. Оказаться последним выжившим из неудачного десанта на планету Строггов можно было в игре Quake 2, а завершить военную операцию против киборгов со своими товарищами - в Quake 4.

Сроки выпуска игры летом 2006 года были перенесены на 2007 год. Однако даже бета-версия Quake Wars вышла только летом текущего года. Полная версия игры выйдет в Европе и Австралии 28 сентября, а в Северной Америке - 2 октября.